Dilandasi oleh pemikiran yang berkembang pada Kongres Ikatan Sarjana Farmasi Indonesia (ISFI) di Jakarta pada tahun 2000, dan didukung oleh Forum Komunikasi Perguruan Tinggi Farmasi Negeri se-Indonesia, maka disepakati pembentukan Asosiasi yang mewadahi seluruh lembaga pendidikan tinggi farmasi yang ada di Indonesia.

Dengan dihadiri oleh wakil-wakil dari institusi pendidikan tinggi farmasi Universitas Airlangga, Universitas Surabaya, Universitas Widya Mandala, Universitas Gajah Mada, Universitas Sanata Dharma, Universitas Ahmad Dahlan, Universitas Pancasila, Universitas Tujuh Belas Agustus 45, Universitas Indonesia, Institut Sain dan Teknologi Nasional, Institut Teknologi Bandung, Universitas Andalas, dan Universitas Hasanuddin, dibentuklah Asosiasi Pendidikan Tinggi Farmasi Indonesia (APTFI) pada tanggal 29 Agustus 2000 pada saat rapat forum komunikasi di Fakultas Farmasi Universitas Pancasila. Badan hukum APTFI disahkan di Jakarta oleh Notaris Ny. Endang S. Antariksa, SH No. 4, tanggal 5 Desember 2000, yang kemudian disempurnakan dalam Akta Notaris No. 686, tanggal 22 Juli 2013. Pengesahan status hukum APTFI oleh Kementerian Hukum dan HAM RI melalui Keputusan Menteri Hukum dan HAM RI No. AHU-191.AH.01.07 Tahun 2013 pada tanggal 24 September 2013.